El mareógrafo de la Península de la Magdalena, un agujero de 80 centímetros de diámetro que desciende hasta el mar, fue construido en 1874.

Esta vieja instalación, que junto a las de Alicante y Cádiz sirvió para evaluar los diferentes niveles medios del mar en cada uno de los tres mares de la península, dejó de funcionar a principios del siglo XX cuando el Palacio fue regalado a los reyes de España por los santanderinos.

El de La Magdalena es hoy por hoy el mareógrafo más antiguo de España. El de Alicante tenía un año más pero ya ha desaparecido. Se trata de un edificio de piedra colocado a unos siete u ocho metros sobre el nivel del mar. Ambos mareógrafos, junto al de Cádiz, sirvieron para crear toda la red altimétrica española.

Este sencillo embarcadero de piedra recibe el nombre de Embarcadero Real porque era el utilizado por el Rey Alfonso XIII en sus desplazamientos desde su residencia de verano en el Palacio de la Magdalena hasta el yate real y viceversa, durante sus vacaciones de verano en Santander a principios del siglo XX.